《首都师范大学学报（自然科学版）》创刊于1976年，1980年定为半年刊，1986年改为季刊并经国家新闻出版署批准国内外公开发行。2006年经北京市新闻出版局批准改为双月刊至今。其前身为《北京师院学报》（自然科学版），1992年随校名的变更改为今名。1998年与学报社科版组成首都师范大学学报编辑部。

《首都师范大学学报（自然科学版）》是北京市教育委员会主管、首都师范大学主办的自然科学综合性学术刊物，国内统一连续出版物号 CN 11-3189/N，国际标准连续出版物号 ISSN 1004-9398。主要刊登数学、计算机、物理、电子通信、化学、生物学、地球科学、环境科学、交叉科学等理工科相关的科研成果和教学成果，论文类型不限于研究论文、述评、科学史和教改论文等。它的主要任务是反映首都师范大学的最新科研成果，促进校内外学术交流，为我国现代化建设服务，读者对象是国内外高等院校的教师、科研工作者及研究生等。

《首都师范大学学报（自然科学版）》现为双月刊，国内外公开发行，邮发代号：2-293。

《首都师范大学学报（自然科学版）》为中国科技核心期刊。中国知网期刊全文数据库（网络版）全文收录期刊，中国学术期刊（光盘版）全文收录期刊，中国学术期刊综合评价数据统计源期刊，“万方数据—数字化期刊群”全文收录期刊，维普数据库全文收录期刊，德国《数学文摘》（ZM）收录期刊，JST日本科学技术振兴机构数据库（2018），美国EBSCO学术数据库收录期刊等。

获奖：国家新闻出版署期刊司、国家教委科技司1989年全国高校自然科学学报优秀编辑质量一等奖,国家教育委员会科技司1995年全国高校自然科学学报优秀学报二等奖,全国优秀高校自然科学学报，教育部1999年优秀科技期刊三等奖，2020年度中国高校优秀科技期刊。